认知治疗目前已广泛应用于临床，包括对抑郁症、焦虑症、恐惧症、强迫症、进食障碍和自杀行为等进行干预。对照研究显示出认知治疗对抑郁症、广泛性焦虑症、惊恐障碍、社交恐惧、物质滥用、进食障碍、配偶关系问题以及住院的抑郁障碍患者均有效。对于其他许多障碍，认知治疗作为唯一的治疗或一种合并的治疗正被世界各地广泛应用。如：创伤后应激障碍、人格障碍、复发的抑郁症、慢性疼痛、疑病症和精神分裂症。除外对精神疾病患者的研究，认知治疗对公共卫生和适应不良性行为问题的研究正在进行，例如：监狱犯人、医院中各种疾病患者、学龄儿童等。
研究表明，认知治疗对具有不同教育水平、收入和经历的患者均有效。从学龄前期到老年期，它适应于各个年龄阶段的患者不仅用于个别治疗，也开始应用于集体治疗、配偶问题和家庭治疗等。已经有许多临床对照研究证实，认知治疗具有减轻情绪症状都和焦虑）、改善认知结构（不良认知或认知偏见）、控制行为表现（愤怒、冲动）以及预防抑郁症复发等方面的作用。2年美国精神病学年会上，Derubeis报告了其对例抑郁症病人分为认知治疗、抗抑郁药治疗和安慰剂三组进行随机对照的研究果。研究时间共16个月。三组患者经4个月的急性期治疗后，前阶段有效的病人再进入为期一年的继续治疗。
结果发现药物治疗组和认知治疗组的有效率相同，均为57%。第二阶段研究中75%的认知治疗患者未再复发，相应的，抗抑郁药治疗组为60%，安慰剂组为19%。16个月的治疗中，抗抑郁药治疗的患者平均花费为美元，认知治疗的患者平均花费为美元。绝大多数的研究表明，认知治疗对单相、非精神病性抑郁症门诊病人的有效率为40%～70%，对抑郁症住院病人的有效率为50%70%，可以与三环类抗抑郁药物的疗效相媲美。同时还发现，认知治疗能降低情感障碍的复发率，随访1～2年的资料表明，认知治疗单用或与药物治疗合用的病人较中断药物治疗的病人复发率低50%；倘若与药物维持治疗的疗效相比较，预防复发的效果认知治疗与药物维持治疗在2年内基本相当，3～5年以上的随访效果较差。但也有学者认为，认知治疗预防复发的效果优于药物。般认为轻度到中度的抑郁症患者特别适合认知治疗，并且能够在短时间内建立起一个有效的治疗同盟；急性抑郁症病人见效快，慢性抑郁症病人见效慢。